Василий Потто родился в Тульской губернии 1 января 1836 года. Военное образование получил в Тульском Александровском кадетском корпусе, в Орловском кадетском корпусе Бахтина и в Дворянском полку.
11 июня 1855 года произведён в прапорщики, назначен в Новороссийский драгунский полк. Вместе с Новороссийским драгунским полком участвовал в блокаде и взятии Карса во время Крымской войны. 15 октября 1857 года произведён в поручики и 13 мая 1862 года в штабс-капитаны.
Вслед за тем, в 1863—1864 годах он принимал участие в подавлении восстания в Польше. За отличия против поляков был награждён орденами св. Станислава 3-й степени с мечами и бантом, св. Анны 3-й степени с мечами и бантом (оба в 1863 году) и св. Станислава 2-й степени с мечами (императорская корона к этому ордену пожалована в 1865 году). 5 июня 1863 года произведён в штабс-капитаны.
В 1866 году Потто был назначен преподавателем Николаевского кавалерийского училища и 3 декабря зачислен штабс-ротмистром в Уланский Его Величества лейб-гвардии полк.
18 октября 1870 года Потто был переименован в майоры и назначен начальником Оренбургского казачьего юнкерского училища с зачислением в Лейб-гвардии Уральскй казачий эскадрон. 30 августа 1872 года произведён в подполковники. 18 февраля 1877 года произведён в полковники.
19 декабря 1881 года Потто был назначен состоять при Военном министерстве по кавалерии без должности, а с 7 октября 1885 года находился в отставке.
3 февраля 1887 года Потто вновь был принят на службу с тем же чином и назначен состоять при войсках Кавказского военного округа. 18 февраля 1896 года был назначен начальником военно-исторического отдела при штабе Кавказского военного округа и 14 мая 1896 года получил чин генерал-майора.
22 апреля 1907 года Потто был произведён в генерал-лейтенанты и скончался в Тифлисе 11 ноября 1911 года.
Его сын Александр (1866—1917) был генерал-майором.
Среди прочих наград Потто имел ордена св. Анны 2-й степени (1869 год, императорская корона к этому ордену пожалована в 1873 году), св. Владимира 4-й степени (1879 год, за беспорочную выслугу 25 лет в офицерских чинах), св. Владимира 3-й степени (1899 год), св. Станислава 1-й степени (1904 год), св. Анны 1-й степени (1906 год).
В. А. Потто получил известность благодаря своим трудам по истории Кавказских войн.