Sytuacja uległa zmianie dopiero po wyborach parlamentarnych jesienią 1997 r. i przejęciu władzy przez koalicję AWS-UW. W czerwcu 1998 r. Sejm dokonał nowelizacji martwej od chwili uchwalenia przed ponad rokiem wcześniej ustawy lustracyjnej. W jej konsekwencji wyznaczono jeden z wydziałów Sądu Apelacyjnego w Warszawie do orzekania o prawdziwości oświadczeń osób lustrowanych. W październiku, w ostatnim dniu urzędowania, pierwszy prezes Sądu Najwyższego prof. Adam Strzembosz mianował Bogusława Nizieńskiego Rzecznikiem Interesu Publicznego, co spotkało się z negatywną reakcją m.in. prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego. Formalnie z początkiem 1999 r. proces lustracji został rozpoczęty. W ciągu kolejnych pięciu lat zespół sędziego Nizieńskiego sprawdził ponad 18 tys. oświadczeń. W trakcie tego procesu zidentyfikowano 741 potencjalnych kłamców lustracyjnych, ale tylko w przypadku 153 (a zatem około 20 proc.) skierowano sprawę do sądu, ponieważ w pozostałych przypadkach brak było – poza zapisami z ewidencji operacyjnej – wystarczająco twardych dowodów współpracy. Z tej liczby sąd uznał za kłamców kilkadziesiąt osób, przy czym niektóre procesy, jak bijąca wszelkie rekordy sprawa Józefa Oleksego, trwały nawet siedem lat.