Оглавление
Дэвид Райх. Кто мы и как сюда попали. Древняя ДНК и новая наука о человеческом прошлом
Благодарности
Введение
Часть первая. Ранняя история нашего вида
Глава 1. Как геном объясняет, кто мы такие
Глава 2. Встреча с неандертальцами
Глава 3. Древняя ДНК открывает шлюзы
Часть вторая. Как мы сюда попали
Глава 4. Призраки человечества
Глава 5. Как сложилась современная Европа
Глава 6. Столкновение, сотворившее Индию
Глава 7. В поисках индейских[12]предков
Глава 8. Генетические корни восточных азиатов
Глава 9. Африка снова включается в историю человечества
Часть третья. Геномный прорыв
Глава 10. Геномика неравенства
Глава 11. Геномика рас и национальностей
Глава 12. Будущее древней ДНК
Пояснения к иллюстрациям
Примечания
Отрывок из книги
Сначала самое главное. Эта книга появилась в результате года интенсивной совместной работы с Юджени Райх, моей женой. Мы вместе перерабатывали материалы, готовили первые черновые варианты глав, обговаривали детали – и книга мало-помалу обретала свои очертания. И без нее этой книги бы точно не было.
Готовую целую книгу придирчиво выправляли Бриджет Алекс, Питер Белвуд, Сэмюел Фентон-Уиттет, Генри Льюис Гейтс-младший, Йонатан Град, Иосиф Лазаридис, Дэниел Либерман, Шоп Маллик, Эррол Макдональд, Лата Менон, Ник Паттерсон, Молли Пржеворски, Джульет Сэмюел, Клиффорд Тейбин, Дэниел Райх, Това Райх, Уолтер Райх, Роберт Вайнберг и Мэтью Сприггс, за что я им искренне признателен.
.....
Мы с Роланд понимали, что методики, отработанные Маттиасом Мейером и Цяомэй Фу в лаборатории Пэабо, могут стать основой для крупномасштабного анализа древней ДНК. Ведь Мейер и Фу занимались изобретательством, потому что деваться было некуда: они должны были выделить ДНК из костей возрастом примерно 40 тысяч лет (это были ранние современные люди из пещеры Тяньюань в Китае)16. Дело в том, что когда Мейер и Фу получили экстракт ДНК из костей ног тяньюаньца, то выяснилось, что там лишь 0,02 % ДНК самого тяньюаньца, а остальная ДНК от бактерий, поселившихся в костях после его смерти. Так что прямое секвенирование виделось чересчур дорогим предприятием, даже на оборудовании, которое появилось после 2006 года и удешевило прочтение геномов в сотню тысяч раз. Решение этой проблемы Мейер и Фу позаимствовали со страничек руководства по медицинской генетике. Медикам бывают нужны лишь интересные для тех или иных задач 2 % из всего генома, их научились выделять, отбрасывая остальные 98 %. Так же и тут: Мейер и Фу выбраковывали ненужные 98 %, а крошечную часть человеческой ДНК оставляли.
Все эти технологии мы с Роланд приспособили для чтения полных геномов. Вместе с коллегами из Германии мы синтезировали пятидесятидвухбуквенные фрагменты ДНК, покрывающие в сумме более миллиона нуклеотидных позиций; и это те позиции, в которых, как мы знаем, у людей имеются те или иные вариации. С помощью этой “наживки” мы выискивали интересующую нас человеческую ДНК в древних образцах, количество которой в некоторых случаях в сотни раз меньше по сравнению с микробной ДНК. Помимо того, нам удалось на порядок увеличить эффективность поисковых действий: мы просто решили, что весь геном читать не обязательно, а обязательны только информативные фрагменты с вариабельными позициями. Весь процесс автоматизировали с помощью подключения роботов, и в итоге один человек мог за несколько дней проанализировать более девяноста образцов. Наши лаборанты растирали образцы древних костей, готовили из них порошок, из которого затем делали вытяжки ДНК и препараты, пригодные для секвенирования. Но вся эта лаборантская работа являлась лишь начальным этапом. За ним следовала не менее хитроумная задача – рассортировать миллиарды кусочков ДНК по принадлежности к тому или иному индивиду, проанализировать информацию и выявить фрагменты с признаками загрязнений, а оставшиеся фрагменты скомпоновать в удобную базу данных. И все это выполняли компьютерные программы, которые разработал Шоп Маллик, пришедший в мою лабораторию за шесть лет до старта проекта; он постоянно настраивал эти программы в соответствии с новыми методическими приемами и новыми данными – новыми и по качеству, и по масштабу.
.....
