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Wesentliche Charakteristika bei der Trennung mittels HILIC sind je nach gewählter stationärer Phase die Eigenschaften der Verteilung, der Adsorption und eventuell der elektrostatischen Wechselwirkung. Eine Gemeinsamkeit sämtlicher stationärer Phasen ist wie oben beschrieben die Fähigkeit, durch Wasseradsorption auf der Oberfläche der Partikel eine Wasserschicht ausbilden zu können. Hydrophile Komponenten werden vor allem deshalb auf den HILIC-Phasen zurückgehalten, weil sich diese bevorzugt in der ausgebildeten Wasserschicht anreichern können, wobei hydrophobere Komponenten dies nicht bzw. weniger gut tun und deshalb früh(er) eluieren.

Es ist nun wichtig zu wissen, welchen Einfluss die folgenden drei Bedingungen auf die Eigenschaften der mobilen Phase haben, die ja verantwortlich ist für den Transport der Moleküle. Diese Eigenschaften beeinflussen einerseits die Löslichkeit (bzw. die Verteilung) der Analyten in der mobilen Phase (bzw. in Kontakt mit der Wasserschicht), haben aber auch direkt Auswirkung auf die Wasserschicht auf der Partikeloberfläche selbst. Im Folgenden werden die drei Parameter (a) organisches Lösungsmittel, (b) Salz und (c) der pH-Wert einzeln erörtert.