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Grundsätzlich sollte der pH-Wert der mobilen Phase – wie eingangs des Kapitels erwähnt – je nach Hydrophilie der zu trennenden Analyten eingestellt werden. Im Gegensatz zu der RPLC, sollte der pH-Wert der mobilen Phase in HILIC bewusst so gewählt werden, dass die Analyten in ihre ionische Form übergehen. Da geladene Spezies generell polarer sind als die neutralen Spezies können diese bei der Trennung mit HILIC besser bzw. länger zurückgehalten, d. h. retardiert werden. Gleichzeitig sind geladene Spezies gut massenspektrometrisch detektierbar.

Wichtig (auch mit Blick auf den pH-Effekt der Silikaphasen) bleibt hier festzuhalten, dass der pH-Wert im Laufmittel grundsätzlich sehr stabil bzw. reproduzierbar gehalten wird, um so die Eigenschaften während eines Laufes nicht oder aber sehr reproduzierbar zu ändern.