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Ist der (Minister-)Rat das politische Herzstück der EU-Organisation, bildet die Kommission das administrative Zentrum der EU (siehe im Einzelnen unten, Rn. 148). Deshalb beschäftigt sie auch den weit überwiegenden Teil aller EU-Bediensteten: Während bei der Kommission rund 32 000 Menschen arbeiten, sind es im Parlament über 7500 und beim Generalsekretariat des (Minister-)Rates ca. 3500 Personen.[31]

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Die Kommission soll als unabhängige und objektive Behörde das europäische Gemeinwohl sicherstellen und allein dem Unionsinteresse verpflichtet sein (vgl. Art. 17 III UA 3 EUV).[32] Dadurch unterscheidet sich die Kommission vom (Minister-)Rat, der natürlich primär den Interessen der entsendenden Mitgliedstaaten verpflichtet ist, aber auch zum EP, in dem parteipolitische Interessen dominieren. Allerdings steht dieses Konzept einer sachbezogen agierenden Fachbehörde in einem gewissen Spannungsverhältnis zu den Bemühungen einer (Partei-)Politisierung der Kommission im Zuge der Aufstellung von Spitzenkandidaten für das Amt des Kommissionspräsidenten und zur Entsendungszuständigkeit der Mitgliedstaaten.[33]

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Die Kommission besteht aus der Kommissionspräsidentin, dem Hohen Vertreter der Union für Außen- und Sicherheitspolitik und (derzeit) 25 Kommissaren. Dabei korrespondiert die Gesamtzahl der 27 Kommissionsmitglieder mit der Zahl der 27 Mitgliedstaaten, wobei jeder Staat ein Mitglied entsendet (Art. 17 IV EUV). Zwar gilt seit 2014 der Grundsatz, dass die Zahl der Kommissionsmitglieder nur noch zwei Drittel der Mitgliedstaaten (also 18) betragen und dadurch schlagkräftiger werden soll; allerdings kann der Europäische Rat einstimmig davon abweichen. So wurde 2009 beschlossen, dass auch weiterhin jeder Mitgliedstaat ein Kommissionsmitglied stellen soll. Aufgrund politischer Festlegungen v.a. kleinerer Mitgliedstaaten hat der 2/3-Grundsatz derzeit keine Umsetzungsperspektive.[34]

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Die Präsidentin der Kommission nimmt innerhalb des Gremiums eine klare Führungs- und Leitungsrolle ein:

–	Dies beginnt mit ihrer herausgehobenen Einzelwahl und -ernennung durch den Europäischen Rat und das EP (Art. 17 VII UA 1 EUV).
–	Des Weiteren hat die Präsidentin eine starke Stellung bei der personellen Zusammenstellung „ihrer“ Kommission: So bedarf die Auswahl der übrigen Kommissionsmitglieder ihrer Zustimmung und sie kann jedes Kommissionsmitglied zum Rücktritt verpflichten (Art. 17 VI UA 2, VII UA 2 EUV).
–	Außerdem kommt der Präsidentin die interne Organisationshoheit der Kommission zu: Sie entscheidet über die Ressortverteilung unter den einzelnen Kommissionsmitgliedern (Art. 248 AEUV) und über ihre Stellvertretung mit Ausnahme des als Vizepräsidenten gesetzten Hohen Vertreters der Union für die Außen- und Sicherheitspolitik (Art. 17 VI UA 1 lit. c, 18 IV EUV).
–	Schließlich legt die Präsidentin die Leitlinien für die Arbeit der Kommission fest und verfügt so über eine (auf die Kommission) beschränkte Richtlinienkompetenz (Art. 17 VI UA 1 lit. a AEUV).

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Die Kommissionsmitglieder müssen „aufgrund ihrer allgemeinen Befähigung und ihres Einsatzes für Europa […] die volle Gewähr für ihre Unabhängigkeit bieten“ (Art. 17 III UA 2 EUV). Sie dürfen auch keine Weisungen entgegennehmen oder einholen, insbesondere nicht von Ihrem entsendenden Heimatstaat (Art. 17 III UA 3 EUV). Diese wohlklingenden Sätze kontrastieren etwas mit der politischen Wirklichkeit, wonach es nach wie vor die nationalen Regierungen sind, die im Wesentlichen über die Person „ihres“ jeweiligen Kommissars entscheiden. Denn die Kommission wird (mit Ausnahme ihrer Präsidentin, die einzeln auf Vorschlag des Europäischen Rates vom EP gewählt wird) vom (Minister-)Rat auf der Basis von Vorschlägen der einzelnen Mitgliedstaaten zusammengestellt und – nach einer Kollektivbilligung durch das EP – für die Dauer von fünf Jahren ernannt (Art. 17 III UA 1, VII EUV).