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Diese These knüpft an die o.g. Feststellung an, dass es einige Schwierigkeiten gibt, wenn Forscher interdisziplinär arbeiten wollen.7 Einige wichtige begrenzende Faktoren sind:

 Mangelnde Zeiteffizienz durch „fruchtlose Diskussionen. [Es gibt] einen hohen organisatorischen Abstimmungsbedarf ohne daraus folgende Effizienzgewinne“ (Blättel-Mink 2003, S. 33). Außerdem werde Zeit darauf verwendet, „‚Einführungsvorlesungen‘ für die Projektpartner aus den jeweils anderen Disziplinen [abzuhalten], damit sie wenigstens ungefähr verstehen, was in den anderen Projektbereichen gemacht wird.“

 Stokols et al. (2003, S. 31) nennen mangelnde Erfahrung der Universitäten mit inter- und transdisziplinären Forschungseinrichtungen als einen Faktor, der Interdisziplinarität begrenzt.

 Miller et al. (2008, S. 4) sehen transdisziplinäre Zusammenarbeit zweifach beschränkt: Erstens rücken die einzelnen Disziplinen nur sehr unwillig von ihren erkenntnistheoretischen Ansprüchen ab, d.h. davon, was sie als harten Kern ihrer Wissensbestände ansehen. Zweitens verringert die Tatsache, dass interdisziplinäre Zusammenarbeit oft angewandte Interdisziplinarität ist, eher die Bereitschaft, über theoretische Grundlagen zu reflektieren, z.B. darüber, was die Rolle von Erkenntnistheorien ist, worin die Relevanz der Prozesshaftigkeit von Erkenntnis besteht, was die Merkmale von Nichtwissen bzw. mangelndem Wissen in Entscheidungssituationen sind etc.