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Schliesslich gibt es auch Fälle, in denen sich die Hochschule direkt an der Ausgründung beteiligt. Explizit sieht beispielsweise Art. 3a ETH-Gesetz die Möglichkeit der Zusammenarbeit mit Dritten durch Beteiligung vor.^[42] Prominentes Beispiel hierfür ist die Cutiss AG, die sich auf automatisierte, personalisierte Hautgewebe-Therapien spezialisiert hat. Eine von der Uni Zürich initiierte Stiftung – die UZH Foundation – hat sich zum Ziel gesetzt, über den zusammen mit der Novartis Venture Fund geschaffenen UZH Life Sciences Fund direkt in ausgesuchte UZH Spin-offs zu investieren.^[43] Im Fall von Cutiss wurden die Mittel in Form eines Darlehens zur Verfügung gestellt, das entweder in Geld zurückzahlbar ist oder in Aktien umgewandelt werden kann.^[44]

Auch bei Beteiligungen durch Hochschulen gilt es die öffentlich-rechtlichen Sondervorschriften zu beachten. So sehen die Beteiligungsweisungen ETH-Bereich etwa vor, dass die Beteiligungen an Spin-off Unternehmen weder 49 Prozent des Eigenkapitals noch 49 Prozent der Stimmen übersteigen. Zudem sollen die Beteiligungen nicht auf Dauer angelegt sein und sind zu veräussern, wenn (i) es die finanzielle Lages des Unternehmens erlaubt und der Zeitpunkt für eine Veräusserung für die ETH der Forschungsanstalt günstig ist oder (ii) die Unternehmenssituation dies erfordert.^[45]

Eine Beteiligung kann auf verschiedene Arten erfolgen: Sie kann durch eine Barliberierung zum Nominalwert erfolgen oder, was in der Praxis häufiger der Fall ist, durch eine Sacheinlage. So sehen die Beteiligungsweisungen ETH-Bereich vor, dass für Beteiligungen an Spin-off Unternehmen grundsätzlich Immaterial- und Sachgüter einzusetzen sind.^[46] In begründeten Ausnahmefällen, insbesondere bei Vorliegen eines strategischen Interesses, können mit Zustimmung der Schulleitung oder Direktion auch nicht zweckgebundene Barmittel eingesetzt werden.^[47] Sofern es sich bei diesen Einlagen um à-fonds-perdu Beiträge handelt, ist dies (die steuerliche Behandlung ausser Acht gelassen) unproblematisch. Eine Sacheinlage kann beispielsweise so ausgestaltet werden, dass im Rahmen der Lizensierung der Forschungsergebnisse an das Spin-off ein Teil der Gegenleistung (z.B. Upfront Payment oder Ersatz der Kosten für Patentanmeldungen) erlassen werden. In diesem Zusammenhang stellt sich regelmässig das Problem der Bewertung und Aktivierbarkeit der eingebrachten Aktiven.^[48] Das gilt insbesondere dann, wenn neben Patenten auch Know-how lizensiert wird.^[49]

Schliesslich muss der öffentlich-rechtlichen Sonderstellung der Hochschule in Aktionärsbindungsverträgen und Beteiligungsverträgen Rechnung getragen werden. Problematisch sind hier z.B. Garantien und Freistellungsvereinbarungen zugunsten neuer Investoren, die von den Universitäten in der Regel nicht akzeptiert werden können. Gleiches gilt für Wettbewerbsverbote, welche die Hochschulen aufgrund der gesetzlich verankerten Forschungsfreiheit nicht akzeptieren können.^[50]