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Die meisten Autoren, die an theoretischen – seien es wissenschaftstheoretische, methodologische, forschungsheuristische oder epistemische – Problemen interessiert sind, sehen zwischen Inter- und Transdisziplinarität Übergänge, verweisen darauf, dass Transdisziplinarität weiterentwickelte und in diesem Sinne „bessere“ Interdisziplinarität ist oder argumentieren, Transdisziplinarität erfordere eine intensivere Zusammenarbeit zwischen den Disziplinen und führe schließlich zur Überschreitung und Verschmelzung verschiedener Disziplinen (etwa Baer (2010); Schwarzwald o.J., S. 1). In Schwarzwalds Sicht hebt eine transdisziplinäre Herangehensweise den „gemeinsamen Gehalt, der die Disziplinen untereinander, möglicherweise sogar in ihrem Anliegen, verbindet“ hervor. Enge Zusammenhänge zwischen Inter- und Transdisziplinarität werden auch von Mittelstraß (2005) oder Völker (2004) gesehen. Nach Mittelstraß bedeutet Interdisziplinarität konkrete Zusammenarbeit auf Zeit, wohingegen transdisziplinäre „Kooperation […] zu einer andauernden, die fachlichen und disziplinären Orientierungen selbst verändernden wissenschaftssystematischen Ordnung“ führe (Mittelstraß 2005, S. 19).16

Was Transdisziplinarität ist, wird durchaus unterschiedlich aufgefasst.17 Balsiger (2005, S. 185) charakterisiert Probleme, die (allenfalls) transdisziplinär gelöst werden können. Für solche Probleme gilt:

 Sie sind meist im außerwissenschaftlichen Bereich (Ökonomie, Politik, Lebenswelt) entstanden.

 Dort werden ihre Lösungen als dringlich empfunden.

 Sie werden von der Öffentlichkeit als relevant angesehen.

 Sie werden über institutionelle Wege (Forschungsaufträge, Projektfinanzierung) an die Wissenschaft herangetragen.

Balsiger (2005, S. 187) fasst zusammen:

Gemäß der […] vorgeschlagenen Begriffsbestimmung von ‚Transdisziplinarität‘ richtet sich transdisziplinäre Forschung auf Probleme bzw. Problembereiche, die nicht unbedingt im Bereich der Wissenschaften entstehen und deren Lösung hauptsächlich von öffentlichem oder zumindest nicht individuell bestimmbarem Interesse ist.

Sicher werden so wichtige Forschungsgebiete genannt, die – so scheint es jedenfalls – dann auch gute Beispiele für transdisziplinäre Zusammenarbeit sind: Nanotechnologie (dagegen: Schummer 2004), Umwelttechnologien und Kognitionswissenschaften.

Im deutschsprachigen Raum hat vor allem Mittelstraß (2005)18 terminologische Fragen besonders gründlich behandelt. Er sieht Transdisziplinarität als Forschungs- und Wissenschaftsprinzip, das überall dort wirksam wird, „wo eine allein fachliche oder disziplinäre Definition von Problemlagen und Problemlösungen nicht möglich ist bzw. über derartige Definitionen hinausgeführt wird“ (Mittelstraß 2005, S. 20).

Methodische Transdisziplinarität (Mittelstraß 2005, zugleich Teil des Aufsatztitels) kann nur dann richtig verstanden werden, wenn wir davon ausgehen, dass Transdisziplinarität ein Forschungs- und Wissenschaftsprinzip ist, aber weder ein Theorieprinzip noch eine Methodenform (Mittelstraß 2005, S. 21). Mittelstraß (2005, S. 23) rekonstruiert anhand eines Beispiels19 einige methodische Stufen der Arbeit:

[D]isziplinärer Ansatz, Einklammerung des Disziplinären, Aufbau interdisziplinärer Kompetenz, ‚Entdisziplinierung‘ im Argumentativen, Transdisziplinarität als argumentative Einheit. Entscheidend ist der Gesichtspunkt des Argumentativen bzw. der Umstand, dass sich der ganze Prozess, in einem nicht-trivialen Sinne, im argumentativen Raum abspielt; im angeführten Beispiel: Die gesuchte Einheit, hier die Bestimmung von Gesundheitsstandards bzw. die Bestimmung von Maßen für ein gesundes Leben, wurde über unterschiedliche Disziplinen hinweg und gleichzeitig durch diese hindurch argumentativ erzeugt. (ebd.)

Diese methodische Transdisziplinarität, die etwa bei der Bearbeitung ökologischer Probleme20 greift, zeichnet aus, dass verschiedene Disziplinen beteiligt sind und dass es sich – wenigstens in Teilen – um außerwissenschaftliche Probleme handelt. Außerwissenschaftlich sind die Probleme insofern, als dass sie außerhalb der Wissenschaften entstanden sind und ihre Lösungen in einem gesellschaftlich-politischen Rahmen verhandelt werden müssen.

Theoretische Transdisziplinarität hingegen entsteht aus der Lösung innerwissenschaftlicher Problemstellungen. Hier ist die Strukturforschung ein prominentes Beispiel. Viele Probleme sind hier nicht von außen (durch die Gesellschaft oder „die Welt da draußen“) gegeben, sondern werden innerwissenschaftlich erzeugt und gelöst. Die Erzeugung, Analyse, Aufklärung und Nutzbarmachung von Strukturen21 verschiedener Größenordnungen werden unter chemischer, physikalischer, biologischer, computerwissenschaftlicher, materialwissenschaftlicher, geologischer und medizinischer Perspektive behandelt.

Zu den Voraussetzungen von Transdisziplinarität22 sei hier nur in Stichworten genannt (Mittelstraß 2005, S. 22f.): a) Der gegenseitige Wille zu lernen und die eigenen disziplinären Vorstellungen zur Disposition zu stellen (was erst einmal reflektiert bzw. offen gelegt werden muss); b) Die Erarbeitung eigener interdisziplinärer Kompetenz, in „produktiver Auseinandersetzung mit anderen Disziplinen“; c) Die Fähigkeit zur Reformulierung eigener Ansätze im Lichte der gewonnenen interdisziplinärer Kompetenz; d) Die Erstellung eines gemeinsamen Textes, in dem die Einheit der Argumentation (‚transdisziplinäre Einheit‘) an die Stelle eines Aggregats disziplinärer Teile tritt.