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La desfragmentación en el sistema de archivos NTFS puede llevarse a cabo con la herramienta de Windows Desfragmentador de disco, ubicada en: Menú Inicio -> Todos los programas -> Accesorios -> Herramientas del sistema.

Ventana principal del desfragmentador de disco de Windows 7

Esta herramienta ofrece la posibilidad de analizar el disco o desfragmentarlo. El análisis de disco determina qué porcentaje de fragmentación existe en este, siendo un porcentaje óptimo el 0 % y provocando lentitud cualquier porcentaje mayor.

También ofrece la posibilidad de programar la desfragmentación automática del disco duro, siempre y cuando el equipo esté encendido. Esta opción puede ser de mucha utilidad para los usuarios poco familiarizados con la optimización de los sistemas de archivos, ya que automáticamente el equipo se encargará de esta tarea cuando se le asigne.