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Die beiden bedeutendsten Krankheiten des Selleries können auch über Samen übertragen werden. Die Septoria-Blattfleckenkrankheit (Septoria apiicola) wird von einem Pilz verursacht; sie zeigt sich durch hellbraune bis graubraune Flecken mit schwarzen Punkten auf den Blättern (sowohl Unter- wie Oberseite), das Gewebe trocknet ein. Vorbeugung: Überlagern des Saatguts; dadurch verringert sich das Infektionsvermögen des Pilzes, Pflanzen nicht mit kaltem Wasser gießen; bei feuchter Witterung Pflanzen wiederholt mit Schachtelhalmbrühe spritzen, weiter Pflanzabstand. Wer die technischen Mittel für eine → Heißwasserbeize hat, dem sei diese empfohlen (30 Minuten 30°C). Ein Befall mit Sellerieschorf (Phoma apiicola) macht sich durch zunächst graue, später bis zu 2 mm dicke, rotbraune, borkenartige Krusten an der Knolle bemerkbar, die aufbrechen und durch die weitere Fäulnisbakterien Einlass finden. Die Pilzkrankheit kann vor allem in feuchten Jahren auftreten, ist jedoch eher selten; einzelne Sorten sind unterschiedlich empfindlich.