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Die augenfälligste Differenzierung der Unternehmensbesteuerung liegt in der Anwendbarkeit des Einkommensteuergesetzes allein auf natürliche Personen und des Körperschaftsteuergesetzes auf Körperschaften andererseits.

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Das Einkommen der Körperschaften wird getrennt vom Einkommen der Anteilseigner besteuert, das heißt, es findet grundsätzlich keine Verrechnung von Verlusten der Körperschaft mit Gewinnen des Anteilseigners und vice versa statt.[6] Die dem Gesellschafter eines Personenunternehmens zuzurechnenden Einkünfte aus der Gesellschaft werden hingegen grundsätzlich mit seinen übrigen Einkünften ver- bzw. zusammengerechnet (§ 2 EStG).[7]

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Die Bemessungsgrundlage von Einkommen- und Körperschaftsteuer wird im Grundsatz nach den gleichen Vorschriften ermittelt, da § 8 Abs. 1 Satz 1 KStG zur Bestimmung des Einkommens einer Körperschaft auf die Regelungen des Einkommensteuergesetzes verweist. Damit sind insbesondere die Regelungen des Bilanzsteuerrechts der §§ 4 bis 7i EStG bedeutsam. Der wichtigste systematische Unterschied auf Ebene der Bemessungsgrundlage liegt in der Behandlung der Leistungsbeziehungen zwischen Gesellschaft und Gesellschafter:

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Schuldrechtliche Vereinbarungen zwischen einer Körperschaft und ihren Anteilseignern werden steuerlich grundsätzlich wie Verträge zwischen fremden Dritten behandelt. Das heißt, dass Betriebsausgaben bzw. -einnahmen der Körperschaft aus diesem Leistungsverhältnis die körperschaftsteuerliche Bemessungsgrundlage mindern bzw. erhöhen. Einkünfte des Anteilseigners aus einer solchen Vereinbarung unterliegen bei ihm der Einkommen- oder Körperschaftsteuer. Sie sind autonom zu qualifizieren; das heißt beispielsweise, dass Einnahmen des Anteilseigners aus einer Tätigkeit als Angestellter der Körperschaft als Einkünfte aus nicht selbständiger Arbeit im Sinne des § 19 EStG behandelt werden. Überlässt der Gesellschafter der Gesellschaft ein Wirtschaftsgut zur Nutzung, bleibt es grundsätzlich Privatvermögen des Gesellschafters; Einnahmen aus der Nutzungsüberlassung sind nach §§ 20 ff. EStG steuerbar (zur abweichenden Beurteilung bei einer Betriebsaufspaltung siehe Rn. 100 ff.). Wenn und soweit eine Leistungsbeziehung zwischen der Körperschaft und dem Anteilseigner allerdings nicht fremdüblich ausgestaltet ist, liegt eine verdeckte Gewinnausschüttung oder verdeckte Einlage vor, die das Einkommen nicht mindert bzw. erhöht (siehe dazu § 8 Abs. 3 KStG und eingehend Rn. 1032 ff.; 1081 ff.).

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Auch bestimmte Leistungsbeziehungen zwischen einer Personengesellschaft und ihren Gesellschaftern führen dazu, dass durch sie veranlasste Betriebseinnahmen bzw. -ausgaben der Gesellschaft ihren Gewinn – und damit den Gewinnanteil ihrer Gesellschafter – in einem ersten Schritt erhöhen bzw. mindern. Die spiegelbildlichen Ausgaben bzw. Einnahmen des Gesellschafters werden jedoch nicht eigenständig steuerlich behandelt, sondern entsprechend der Einordnung seines Gewinnanteils (gewerblich oder freiberuflich) qualifiziert und mit diesem zusammengerechnet, § 15 Abs. 1 Satz 1 Nr. 2 EStG. Das heißt beispielsweise, dass Einnahmen des Gesellschafters aus einer Tätigkeit als Angestellter der (gewerblich tätigen) Personengesellschaft als Einkünfte aus Gewerbebetrieb im Sinne des § 15 EStG behandelt werden. Überlässt der Gesellschafter der Gesellschaft ein Wirtschaftsgut zur Nutzung, gehört es zum (Sonder-)Betriebsvermögen des Gesellschafters und die Einnahmen aus der Überlassung gehören zu den Einkünften aus Gewerbebetrieb. Wenn und soweit eine Leistungsbeziehung nicht fremdüblich ausgestaltet ist, kann eine (verdeckte) Entnahme oder Einlage vorliegen, die den Gewinn auf der Ebene der Personengesellschaft nicht mindert bzw. erhöht (zu den Einzelheiten siehe insbesondere Rn. 471 ff., 640 ff.).