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Durante el gobierno de Carlos Menem, entre 1989 y 1999, hubo dos etapas diferenciadas respecto de la política científica. En la primera época, conocida como reacción tradicionalista, se designaron como autoridades de las instituciones científicas a investigadores de ultraderecha que ya habían desempeñado cargos similares durante gobiernos militares.

En una segunda etapa, la modernización conservadora, se realizaron reformas en la educación superior y en ciencia y tecnología.

A partir de 1994 tuvo lugar un fuerte desfinanciamiento del sector científico y tecnológico. Ante el reclamo por más presupuesto para el área, Domingo Cavallo, ministro de Economía, le respondió a la socióloga Susana Torrado: “que se vaya a lavar los platos”. Esta frase, además de revelar su misoginia, concuerda con las políticas económicas de la época.

Pese a la falta de fondos, en 1996 se creó la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT), dependiente de la SECyT. Su objetivo era promover proyectos de investigación y la actualización tecnológica de las empresas con mayor transparencia ya que separaba las funciones de promoción (financiamiento) y ejecución (investigación), hasta entonces ambas a cargo del Conicet.

Durante todo este período, el organismo atravesó una gran crisis institucional y se interrumpió el ingreso de nuevos miembros a la carrera de investigación.