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La crisis política, económica y social de 2001-2002 en Argentina, que incluyó la renuncia del entonces presidente Fernando de la Rúa y una sucesión de tres mandatarios hasta la asunción de Eduardo Duhalde, originó una gran restricción de la inversión en investigación. La ciencia quedó relegada y los esfuerzos se concentraron en reducir el gasto fiscal.

A partir de 2003, con la presidencia de Néstor Kirchner y con Daniel Filmus al frente del Ministerio de Educación, Ciencia y Tecnología (MECyT), se trabajó para recuperar la confianza erosionada del sector en el gobierno. Por un lado, se relanzó el programa Red de Argentinos/as Investigadores/as y Científicos/as en el Exterior (RAICES), que existía desde el año 2000, pero sin mucha actividad. Si bien al principio fue un intento por tender redes entre investigadores en Argentina y en el exterior, se volcó más tarde a organizar la repatriación de les investigadores. Por el otro, se volvió a abrir la Carrera de Investigador Científico del Conicet: se pasó de 465 becas de doctorado (2002) a 1254 (2004) y de 15 ingresos a CIC (2002) a 715 (2004).

Entre 2004 y 2015, la inversión en Ciencia y Tecnología pasó de 0,18% a 0,35% del PBI, aunque nunca hasta la actualidad se llegó a la meta propuesta del 1%. Siguiendo la línea de su predecesor, y con la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva en 2007, durante la presidencia de Cristina Fernández se buscó jerarquizar la ciencia como una política de Estado. Sin embargo, esta jerarquización de la Secretaría no estuvo acompañada de un aumento de su poder sobre la distribución de los recursos presupuestarios dentro del sistema científico-tecnológico.

En 2012 se lanzó el Plan Argentina Innovadora 2020, tendiente a aumentar la cantidad de investigadores de planta y de proyectos de temas estratégicos. Hacia fines de la segunda presidencia de Cristina Fernández, el sistema científico-tecnológico parecía haber superado la crisis del 2001, existían algunas iniciativas de impulso a la industria tecnológica nacional y el número de investigadores, becaries y docentes universitaries había aumentado notoriamente.

Durante su campaña presidencial de 2015, Mauricio Macri propuso elevar la inversión en ciencia y tecnología al tan ansiado 1,5% del PBI. Luego de ganar las elecciones, anunció la continuidad de quien, hasta ese momento, había sido el único ministro de Ciencia y Tecnología, Lino Barañao.

Sin embargo, durante su gestión bajo el gobierno de Macri, entre 2015 y 2019 la inversión en ciencia y tecnología se redujo significativamente, hubo numerosos despidos en organismos como el INTI y el INTA y las sucesivas devaluaciones causaron una caída de los salarios y subsidios.