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Dass mit diesen Überlegungen spätere Oppositionen vorgezeichnet sind, zeigt die klassifizierende Bestandsaufnahme von Carl Siegel (1872–1943) in seiner Geschichte der Deutschen Naturphilosophie (1913: VI f.). Nach Siegel muss Naturphilosophie, „wenn anders die Bezeichnung nicht völlig unpassend gewählt sein soll“, eine Philosophie der Natur sein. Ein Problem ergibt sich, wenn die in Frage stehende Philosophie zugleich selbst Wissenschaft sein will. Dann ist ihr Verhältnis zu den Naturwissenschaften zu klären, denn nun gibt es zwei miteinander konkurrierende wissenschaftliche |60|Zugänge zur Natur. Eine Lösung böte die Annahme, Naturphilosophie sei nur so lange legitim, wie es noch keine ausformulierte Naturwissenschaft gebe. Diese Auffassung von Naturphilosophie als Vorform der Naturwissenschaft wird jedoch der zeitgenössischen Bedeutung von Naturphilosophie nicht gerecht, weshalb Siegel versucht, Naturphilosophie nicht nur als mögliche Erweiterung naturwissenschaftlicher Arbeit auszuweisen, sondern als deren notwendige Ergänzung.

Angesichts überschneidender Aufgaben ist die Sonderstellung von Naturphilosophie neu zu begründen. Es bleiben zwei logische Optionen: Entweder müssen die Unterschiede den Gegenstand betreffen oder aber die Methode. Diese Möglichkeiten sind in den Ansätzen der metaphysischen und der kritischen Naturphilosophie verwirklicht. Erstere hat wie die Naturwissenschaft Natur zum Gegenstand, erfasst diese jedoch mit anderen Methoden. Letztere unterscheidet sich nicht im Verfahren, sondern durch den Gegenstand von der Naturwissenschaft. Sie thematisiert Natur nicht direkt, sondern vielmehr die Naturwissenschaft und wird zu deren logischem Gewissen. Als Wissenschaftsphilosophie betrachtet sie „Grundlagen, Methoden und Ziele der Naturwissenschaft“.

Damit ist treffend das Verständnis von Naturphilosophie ‚in den Grenzen‘ der Naturwissenschaft charakterisiert. Diese Grenzziehung zwischen Metaphysik und Wissenschaftskritik prägt die Debatten im 20. Jh. (→ I.9). Über die Abgrenzungskriterien der Logischen Empiristen hat sie enormen Einfluss auf die heutige Debatte gewonnen. Bewertet man, wie diese, die metaphysische Variante als nicht gangbaren Weg, dann können zwar in theoretischer Hinsicht immer noch verschiedene Naturphilosophien ausgewiesen werden, alle jedoch verbleiben in den Grenzen naturwissenschaftlicher Welterfassung.