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Der von Siegel (1913) benannte „metaphysische“ Strang der Naturphilosophie ist heute durch die vehemente Metaphysikkritik der Neopositivisten eher randständig, der Sache nach jedoch weiter präsent. Zwar gilt die Suche nach möglichst metaphysikarmen Ansätzen als Gütekriterium, jedoch könnte die ablehnende Haltung zur Metaphysik innerhalb der Wissenschaftsphilosophie, berücksichtigt man die Einsichten von Popper, Thomas S. Kuhn (1922–1996), Imre Lakatos (1922–1974) oder Paul Feyerabend (1924–1994), auch weniger kategorisch ausfallen. Zumal naturwissenschaftliche Programme in ihrem ‚harten Kern‘ selbst metaphysische Überzeugungen tragen. So überrascht es wenig, wenn der aus der Wissenschaftstheorie stammende Feyerabend (2009) selbst eine Naturphilosophie vorlegt. Zudem sind alle über den engeren wissenschaftsphilosophischen Rahmen hinausgehenden Ansprüche und Agenden – etwa Naturphilosophie solle die Einbindung der Wissenschaften in die Lebenswelt garantieren, sie leiste eine Reflexion über die Grenzen der Wissenschaft (Esfeld 2002: 127ff.) oder sie solle wissenschaftsphilosophische Reflexion mit kulturellen Aufgaben verbinden (Bartels 1996: 21) – kaum von einer Naturphilosophie zu erwarten, deren Ansatz, Methode und Möglichkeiten in den Grenzen der Naturwissenschaft verbleiben.

Deshalb erlebt die metaphysische Naturphilosophie einen Aufschwung (Nagel 2012). Das zeigt auch die wachsende Aufmerksamkeit für das kulturphilosophische und anthropologische Programm der Naturphilosophie von Helmuth Plessner (1892–1985). Dessen Stufen des Organischen und der Mensch (1928) sind zwar wissenschaftsnah, kritisieren aber die methodologischen Auswirkungen des cartesianischen Dualismus als einseitige Methodenprogramme der mathematisch-mechanischen |64|Naturwissenschaft oder der introspektiv-hermeneutischen Geisteswissenschaft. Ergänzend zur kulturwissenschaftlichen Analyse fordert Plessner eine Ableitung des Menschen aus der Natur. Ziel ist es, die Daseinsweise der Lebendigkeit (→ II.10), die den Menschen mit den übrigen Lebewesen verbindet, zur Grundlage der Philosophischen Anthropologie (→ II.11) zu machen. Während die Naturwissenschaft Philosophie nur in Form von Logik oder Methodologie benötige, brauche die Geisteswissenschaft Naturphilosophie: „Ohne Philosophie des Menschen keine Theorie der menschlichen Lebenserfahrung in den Geisteswissenschaften. Ohne Philosophie der Natur keine Philosophie des Menschen“ (Plessner [1928] 2003: 63). Diese Naturphilosophie auf phänomenologischer und leibphilosophischer Grundlage (→ III.1) steht zwar in Differenz aber nicht in Feindschaft zur Naturwissenschaft und hat in Hans Jonas (1903–1993) oder Maurice Merleau-Ponty (1908–1961) bedeutende Nachfolger.