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Grundsätzlich ist die Pastinake eine gesunde und robuste Kulturpflanze, die praktisch von keinen Krankheiten oder Schädlingen befallen wird. Selten werden Pastinaken von Karottenfliegen geschädigt (→ Karotte), nach Wiesenumbrüchen auch von Drahtwürmern. Eine Ausnahme sind feucht-kühle Lagen. Hier können Nassfäulen auftreten. Vorbeugend ist eine Dammkultur (→ Karotte) empfehlenswert, um Pilzerkrankungen vorzubeugen. Bei Niederschlägen kann das Wasser so leichter abfließen. Selten können auch Viruserkrankungen auftreten.

Im Lager kann der Becherpilz (Sclerotinia sclerotiorum) auftreten, der sich durch ein dichtes, watteartiges Mycel an den Wurzeln und schwarzen Tupfen (den Sklerotien) bemerkbar macht. Eine Kopffäule verursacht der Pilz Phoma complanata. Vorbeugung: Pastinake bei Temperaturen von 0–1°C einlagern; im Lager regelmäßig kontrollieren und befallene Wurzeln entfernen.