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Fenchel ist in der Regel kaum krankheitsanfällig. Fenchel ist eine beliebte Wirtspflanze für die Raupen des Schwalbenschwanzes. Die resultierenden Schäden sind meist kaum erwähnenswert. Die Freude über diesen schönen und äußerst selten gewordenen Schmetterling überwiegt bei weitem. Mitunter tritt auch Falscher Mehltau (Plasmapora crustosa) auf. Schadbild: Blattoberseite bleiche, später braune Flecken; Blattunterseite grau-weißer Pilzbelag. Dieser kann über die Samen übertragen werden. Vorbeugung: weiter Pflanzabstand; Anbau in feuchten Lagen vermeiden; in ungünstigen Lagen Boden und Pflanzen mit Schachtelhalmbrühe stärken. Bei Befall Pflanzen entfernen und vernichten, mindestens 3-jährigen Fruchtwechsel einhalten.

Beim Hochsommeranbau können braune Ränder auftreten („Randen“). Verursacht wird dies hauptsächlich durch Staunässe, Hitze, Trockenheit und Kalziummangel.