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La RMC adquiere imágenes del corazón obviando el latido cardiaco y el movimiento del tórax debido a que, por un lado, la adquisición es sincronizada con el electrocardiograma; y por otro al uso de secuencias cada vez más rápidas que permiten obtener imágenes en unos pocos segundos durante los cuales el paciente pueda mantener una apnea. Las secuencias funcionales son adquiridas durante todo el ciclo cardiaco, y las imágenes anatómicas deben adquirirse en diástole, que es cuando hay menos movimiento cardiaco. En todos los casos se pueden utilizar algoritmos de adquisición que acortan el tiempo de estudio, para adaptarlo a cada paciente, existiendo siempre una relación entre el tiempo de adquisición y la resolución tanto temporal como espacial de las imágenes.

Dependiendo de los diferentes tipos de pulso de radiofrecuencia que apliquemos, obtendremos diferentes tipos de imágenes. Hay dos grandes grupos de secuencias: eco de espín o sangre negra (SE o Spin Echo), utilizadas en los estudios anatómicos. Las imágenes de sangre negra se caracterizan por que la sangre circulante dentro de las cavidades y vasos se visualiza hipointensa o negra. El otro tipo de secuencias son las de eco de gradiente o sangre blanca (GRE o Gradient Echo), más rápidas y utilizadas en las secuencias funcionales. Como indica su nombre, la sangre circulante dentro de las cavidades se visualiza brillante o hiperintensa. Según qué tejido queramos contrastar, las secuencias las podemos adquirir potenciadas en T1 (donde veremos la grasa hiperintensa o brillante, y el agua negra o hipointensa) o T2 (donde el agua es brillante o hiperintensa).

El contraste utilizado en RMC es el gadolinio, que por sus propiedades paramagnéticas modifica la señal emitida por los tejidos. El ion de gadolinio es tóxico, por lo que se une a otra molécula para su uso clínico. Para obtener imágenes óptimas con contraste se utilizan secuencias potenciadas en T1. Cuando se administra el gadolinio por vía intravenosa tiene un primer paso intravascular, posteriormente pasa al espacio intersticial sin entrar dentro de la célula y se elimina por vía renal. En los estudios de RMC se administra gadolinio para los estudios vasculares, la perfusión miocárdica de reposo y estrés, y para valorar la captación de contraste por parte del miocardio u otros tejidos.