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(Juni 1938 – Januar 1943)

Im Juni 1938 stellte Otmar von Verschuer den Antrag, eine freie Stelle am Frankfurter Institut durch die Einstellung Mengeles als Assistenten besetzen zu dürfen. In seinem Empfehlungsbrief schrieb er, sein Vorzeigestudent habe sich „durch besondere Leistungen ausgezeichnet“. Er lobte seine Zuverlässigkeit und betonte seine „besondere anthropologische Ausbildung“, die ihn für die Arbeit am Institut speziell befähige:

Besonders wertvolle Dienste leistet er bei den erb- und rassenbiologischen Begutachtungen zur Abstammungsprüfung, da ihm hier seine anthropologische Ausbildung gut zustatten kommt. Bei den Referierabenden des Instituts und bei Gelegenheit von kleineren Vorträgen hat er bewiesen, daß er die Fähigkeit der Darstellung auch schwieriger geistiger Gebiete besitzt. Herr Dr. Mengele hat eine grössere wissenschaftliche Arbeit – Familienuntersuchungen bei Fällen von Lippen-Kiefer-Gaumenspalten – nahezu zum Abschluß gebracht. Eine andere Arbeit zur Frage der Erblichkeit bei angeborenem Herzfehler ist im Gange.1

Die Universität genehmigte die Stellenbesetzung, und Mengele machte einen wichtigen Schritt voran in seiner angestrebten akademischen Karriere.

Er führte weiterhin wissenschaftliche Untersuchungen durch und veröffentlichte neben seiner Dissertation mindestens sechs Buchrezensionen und drei Artikel. Als Mengeles Kollege Otwill Reichert 1939 starb, übertrug Verschuer Mengele die Aufgabe, Reicherts Forschungen für die Publikation vorzubereiten. Es erschienen mindestens zwei Artikel über die Vererbung von Thromboangiitis obliterans (Buerger-Syndrom) und Polyarteriitis nodosa (Kussmaul-Maier-Krankheit). 1940 veröffentlichte Mengele in Der Erbarzt einen Aufsatz über die Vererbung von Ohrfisteln.2 Die Forschung zu diesem Aufsatz wurde angeregt durch eine Vaterschaftsklage, die Mengele begutachten sollte; er fand hier eine Korrelation zwischen der Ohranomalie und einer Gaumenspalte. Das Sommersemester 1939 verbrachte er an der Klinik für Innere Medizin der Universität Bonn, im Austausch mit Dr. Franz Grosse-Brockhoff.3 In jedem Fall genoss Mengele das Vertrauen seines Mentors, für den er im Februar 1940 zwei Wochen bei der Vorlesung „Menschliche Erblehre als Grundlage der Rassenhygiene“ einsprang, und im März 1940 empfahl Verschuer die Verlängerung seiner Stelle. Verschuer schloss seinen Antrag mit dem Satz: „Nach den Erfahrungen der letzten beiden Jahre habe ich die Überzeugung gewonnen, daß Herr Dr. Mengele für die akademische Laufbahn geeignet ist.“4