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Ein zentraler Ausgangs- und Scheidepunkt für heutige Ansätze ist – neben der Naturphilosophie Hegels – insb. die romantische Naturphilosophie. Seither sind nahezu alle Versuche, Naturphilosophie als philosophische Disziplin zu etablieren, in Anlehnung an oder in Abgrenzung zur romantischen Vorgabe erfolgt:

„Der Name Naturphilosophie […] besitzt einen üblen Klang. Er erinnert an eine geistige Bewegung, welche vor hundert Jahren in Deutschland herrschend war; ihren Führer hatte sie in dem Philosophen Schelling […]. So ist denn die Zeit der Naturphilosophie als eine Zeit tiefen Niedergangs deutscher Naturwissenschaft bekannt, und es erscheint als ein vermessenes Unternehmen […] unter dieser verrufenen Flagge segeln zu wollen.“ (Ostwald 1902: 1–3)

„Nachdem die Naturphilosophie in Deutschland zu Beginn des 19. Jahrhunderts in Form der romantischen Naturphilosophie für kurze Zeit eine dominierende Stellung erreicht hatte, erlebte sie als philosophische Disziplin einen raschen Niedergang. Der entscheidende Grund dafür ist |58|die geradezu verhehrende [sic!] Einschätzung, die die romantische Naturphilosophie im Urteil des überwiegenden Teils der Naturwissenschaftler […] fand.“ (Bartels 1996: 11)

„[D]ie heutige Naturphilosophie [setzt] voraus, dass Erkenntnis über die Natur nur mit Hilfe der Naturwissenschaften gewonnen werden kann. Hierin unterscheidet sich die zeitgenössische Naturphilosophie insbesondere von der Naturphilosophie der Romantik.“ (Esfeld 2002: 8; Esfeld 2011: 10)

Maßgeblich für die romantische Naturphilosophie ist nach Lesart der Nachfolger das Programm von Friedrich W.J. Schelling (1775–1854). Dessen Grundannahmen werden in Schellings Einleitung zu dem Entwurf eines Systems der Naturphilosophie deutlich. Wichtig ist, dass Schelling seine Naturphilosophie hier nicht nur als Ergänzung zur Erkenntnistheorie legitimiert, sondern auch ins Verhältnis zu den Naturwissenschaften setzt. Naturphilosophie und Naturwissenschaft haben demnach ihre Orientierung an der Natur gemeinsam, stehen auf „gleichem Standpunkt“ und wollen alles aus Naturkräften erklären. Die Naturphilosophie soll jedoch die Natur als selbständige Instanz würdigen, die ihre eigene Ursache ist (causa sui). So ist die Naturphilosophie zwar wie die Physik realistisch, zielt aber auf einen anderen Bereich der Natur. Ihr geht es um die originären Prinzipien und Bildungskräfte. Sie wird zur „spekulativen Physik“. Eine Schlüsselstelle in Schellings Text (Schelling [1799] 1927: 274f.) belegt den damit aufbrechenden Graben zwischen Naturphilosophie und Naturwissenschaft. Bildhaft ist er durch die Gegenüberstellung von Oberflächen- und Tiefenanalyse zum Ausdruck gebracht. Während sich die naturwissenschaftliche Untersuchung auf die Oberfläche einzelner Ursache-Wirkungs-Beziehungen richtet, zielt Naturphilosophie auf das „innere Triebwerk“ der Natur, die ursprünglichen Bewegungsursachen bzw. den letzten „Bewegungs-Quell“ und damit auf dasjenige, „was an der Natur nicht-objectiv ist“.