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Einige große, spezialisierte Krankenhäuser betreiben Register, in denen die Ärzte die Zahl der behandelten Patienten, die Art der Behandlung und den Behandlungserfolg dokumentieren. Die Fälle werden unabhängig von ihrem Wohnort erfasst. Diese Register dienen in erster Linie der Qualitätssicherung.

Ein Beispiel sind klinische Krebsregister. Sie liefern wichtige Daten zur Verbesserung der Krebsbehandlung. Über das Auftreten von Krebs in der Bevölkerung sagen sie aber wenig aus, denn sie erfassen nicht alle Fälle.

Seit 1994 gibt es in Deutschland regionale Schlaganfallregister. Sie decken die Regionen Bayern (sowie Erlangen durch das Erlanger Schlaganfallprojekt), Hamburg, Hessen, Nordrhein, Rheinland-Pfalz, Schleswig-Holstein und Nordwestdeutschland ab.

Daten zur Behandlung der Patienten werden mittels eines standardisierten Fragebogens erhoben. Rund 300 Kliniken mit insgesamt etwa 60.000 Schlaganfallpatienten pro Jahr haben sich zur »Arbeitsgemeinschaft Deutscher Schlaganfallregister« zusammengeschlossen. Die Arbeitsgemeinschaft nimmt unter anderem Auswertungen der zusammengeführten Daten von allen beteiligten Registern vor.

Klinische Register, die an Krankenhäuser angegliedert sind, erfassen die Daten der behandelten Patienten zum Krankheitsverlauf und zur Überprüfung der Therapieverfahren. Die Fälle werden unabhängig von ihrem Wohnort registriert.