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Para entender la relación entre filosofía (la verdadera ciencia, a los ojos de Séneca) y las artes (nuestras ciencias experimentales) en Séneca es fundamental la discusión de la epístola 88 en que nuestro filósofo, siguiendo, probablemente, a Posidonio, rechaza la idea de que la geometría y otras ciencias formen parte de la filosofía, aun admitiendo la ayuda inestimable que pueden y deben prestarle como auxiliares. Por más que la filosofía y las ciencias compartan el campo de trabajo, ambas tienen objetivos y métodos claramente diferentes ¹³⁴ .

El filósofo de la naturaleza, dice Séneca, investiga las causas de los fenómenos naturales; la tarea del científico es describirlos matemáticamente. El filósofo investiga la razón del movimiento de los astros, la causa que produce la reflexión en el espejo, demuestra que el sol es grande. Al matemático le corresponde medir esos movimientos, describir las propiedades de los espejos, determinar las dimensiones del sol ¹³⁵ . La filosofía es, pues, etiológica; la ciencia, principalmente, descriptiva.

Pero hay más; mientras el científico basa su trabajo en la observación y el cálculo, el filósofo razona deductivamente a partir de sus principios o axiomas fundamentales.

Que la verdadera ciencia no es sólo ni principalmente cuestión de observación y experiencia ¹³⁶ , sino, sobre todo, de razonamiento es algo que no se cansa de repetir Séneca una y otra vez a lo largo de la obra.

El filósofo de la naturaleza se distingue, precisamente, del moralista por una audacia intelectual que le impide conformarse con lo que ven los ojos y que le lleva a sospechar que existe un reino más grande situado fuera del alcance de nuestra mirada, al que sólo la razón puede acceder ¹³⁷ .

Para conocer la naturaleza, dice Séneca, es preciso desvelar sus secretos, no conformarse con su aspecto exterior sino mirar en su interior y penetrar en sus misterios ¹³⁸ . Dios, explica en otro lugar, no ha querido mostrar a los hombres todas las partes del cosmos; Él mismo no es accesible más que por la razón; pero también otros «muchos seres emparentados con la suprema divinidad, y a quienes les cupo en suerte un poder parecido, están envueltos en la oscuridad o quizás, y lo que es aún más asombroso, saltan a la vista y a la vez escapan de ella, bien porque son de una materia tan sutil que no pueden ser percibidos por el ojo humano, bien porque su excelsa majestad se esconde en un sagrado retiro y oculta su reino, es decir, se oculta a sí mismo, y no permite el acceso a nadie más que al espíritu ¹³⁹ ». La investigación científica exige, repite en otra ocasión, «una alta dosis de audacia para sacar a la luz secretos que están tan profundamente escondidos ¹⁴⁰ ». Y esto sólo puede hacerse con la fuerza de la razón.

Naturalmente, esta concepción de la ciencia tiene unas implicaciones muy importantes.

Aunque, como veremos posteriormente, observación y experimentación no están excluidas de las NQ , el método básico de Séneca es el razonamiento deductivo a partir de unos principios o axiomas indemostrables.

Séneca rara vez parte de la observación directa de los hechos ¹⁴¹ . Más que en la experiencia, se basa en una lógica abstracta que le permite, por ejemplo, explicar el origen de las aguas subterráneas recurriendo simplemente al dogma de los cuatro elementos y sus transformaciones recíprocas ¹⁴² , o que le permite ver con los ojos de la mente otro mar en el interior de la tierra ¹⁴³ , o que le permite explicar el régimen horario de algunas fuentes, recurriendo al carácter cíclico de los fenómenos de la naturaleza ¹⁴⁴ ; o que le lleva a negar la posibilidad de que el fuego del rayo descienda del éter, basándose en el principio del orden que reina en aquella región y que no permite la caída de ningún elemento ¹⁴⁵ .

Desde nuestro punto de vista moderno, el error de Séneca es identificar ciencia y filosofía, creer que es posible el progreso de la ciencia con la fuerza pura del pensamiento. Pero para Séneca este enfoque era el único posible. Muchas de las críticas que se han vertido sobre las NQ dependen de no haber entendido bien esta característica.

Hay, además, una segunda impliciación no menos importante, que es la renuncia expresa a las demostraciones matemáticas y geométricas, por más que en algún pasaje de la obra Séneca da a entener que es plenamente consciente de su eficacia ¹⁴⁶ .