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Die glatte Petersilie gilt als krankheitsanfälliger als gekrauste Formen. Aufhellungen der Blätter können verschiedene Ursachen haben: Ein Nematodenschaden, ein Befall der Karottenfliege (→ Karotte), aber auch ein Mangel an Spurenelementen (Magnesium- und Molybdänmangel). In einem gesunden Gartenboden ist dies allerdings kaum zu beobachten. Rotverfärbungen der Blätter deuten auf eine andauernde zu hohe Bodenfeuchtigkeit hin. Wenn ab Juni das Laub beginnt sich rot zu verfärben, ist dies ein Zeichen für einen Nematodenbefall.

An Petersilie kann die Septoria-Blattfleckenkrankheit (Erreger Septoria petroselini) auftreten (Juni – August). Auf den Blättern bilden sich graubraune Flecken, auf denen pünktchenartig die schwarzen Sporenbehälter des Pilzes sitzen. Teile oder ganze Blätter sterben ab. Häufiger kommt diese Krankheit an Sellerie vor, da es sich hier aber um einen anderen Erreger handelt, kann Sellerie Petersilie nicht anstecken. Diese Krankheit ist häufig saatgutbürtig, die Samen können wirksam mit einer Heißwasserbehandlung pilzfrei gemacht werden (50°C und 30 Minuten). Vorkommen kann im Spätsommer/Herbst auch der Falsche Mehltau.