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La RMC es una técnica, en general, inocua en las condiciones empleadas en medicina. Las contraindicaciones para someter a un paciente a una RMC son las mismas que para cualquier estudio de RM. Aquellos pacientes portadores de implantes deben ser analizados si son compatibles con el campo magnético. Cada vez más implantes son compatibles por su menor componente férrico y mayor uso de otro tipo de metales. Así, hoy en día, la mayor parte de prótesis osteomusculares, implantes dentales, válvulas cardiacas y stents son compatibles. Dado que la seguridad de diferentes implantes se revisa continuamente, es importante consultar una lista actualizada de implantes seguros (<www.mrisafety.com>). Mención especial son los marcapasos y desfibriladores, los cuales son considerados una contraindicación relativa. En caso de considerar necesaria la realización de una RMC se puede optimizar la programación de estos dispositivos para que sean afectados lo menos posible por el campo magnético y la radiofrecuencia, pero siempre teniendo en cuenta que el paciente es sometido a un riesgo, por lo que hay que valorar siempre el beneficio y el riesgo de realizar la exploración.

Otra contraindicación para la realización de una RMC es la obesidad mórbida. Por las características de los equipos de RM hay pacientes que por su volumen no pueden ser introducidos dentro del equipo y no pueden ser sometidos a esta exploración.

Otra contraindicación, en este caso relativa, es la presencia de claustrofobia, ya que la mayor parte de pacientes pueden realizar la exploración si son sometidos a una sedación ligera con benzodiacepinas.

La mayor parte de los estudios cardiacos requieren administración de contraste. Las reacciones adversas al gadolinio son raras (ligeras-moderadas –urticaria, disnea, nauseas o vómitos: 1/5.000 pacientes–; severas –reacción anafiláctica: 1/250.000-300.000 pacientes–), por lo que se considera un agente de contraste seguro. La fibrosis nefrogénica sistémica es una complicación muy rara pero grave que puede ocurrir en pacientes con insuficiencia renal severa (filtrado glomerular < 30 ml/min/1,73 m²), por lo que hay que valorar el balance riesgo-beneficio en estos pacientes.

El paciente tiene que permanecer en decúbito supino durante un mínimo de 30 minutos, por lo que aquellos pacientes que no toleren el decúbito (ortopnea), aquellos con inestabilidad hemodinámica o aquellos que no vayan a colaboran en la realización de las apneas deberían ser remitidos a otro tipo de exploración.

El embarazo es una contraindicación absoluta para la realización de una RM durante el primer trimestre y durante todo el periodo si se administra gadolinio.