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Art. 2 Abs. 3 sieht vor, dass das Handeln der EU-Organe und ihrer Einrichtungen, der Ämter und der Agenturen weiterhin der Anwendung der VO (EG) 45/2001 unterfällt. Diese ist auf Grundlage des früheren Art. 286 Abs. 2 EG erlassen worden. Sie ist nach Inkrafttreten des Lissabon-Vertrages so auszulegen, dass Datenverarbeitungsvorgänge bezüglich personenbezogener Daten von Organen, Einrichtungen und sonstigen Stellen der EU, die ganz oder teilweise in den Anwendungsbereich des EU-Rechts fallen, der vorgenannten Verordnung unterfallen.[36]

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Um „einen soliden und kohärenten Rechtsrahmen im Bereich des Datenschutzes in der Union zu gewährleisten“, sieht ErwG 17 vor, dass die VO (EG) 45/2001, gestützt auf Art. 98, auf Vorschlag der Kommission an die Aussagen der DS-GVO anzupassen ist. Dies gilt auch für alle übrigen Rechtsakte der Union, die Datenverarbeitungen durch EU-Organe und Einrichtungen zum Gegenstand haben.

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Der Kritik aus dem EU-Parlament und den Mitgliedstaaten, die einheitliche Datenschutzregelungen für die gesamte Union befürworteten, begegnete die Kommission mit der Ankündigung, die erforderlichen Anpassungen des bestehenden Datenschutzrechts binnen zweier Jahre nach Annahme der DS-GVO anzustoßen.[37] Seit Januar 2017 liegt ein entsprechender Gesetzgebungsvorschlag seitens der Kommission vor.[38]