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Das intestinale Immunsystem ist eng verbunden mit der Darmschleimhaut sowie mit der Bakterienflora des Darms. Der Darmschleimhaut kommt im Abwehrkampf eine wichtige Barrierefunktion zu. Unterstützt wird sie hierbei von den Bakterien der Darmflora, die sich an der Darmwand festsetzen und so die Darmbarriere verstärken siehe >. Außerdem attackieren die Keime im Bedarfsfall krank machende Erreger beziehungsweise Fremdpartikel und verhindern so, dass sich diese vermehren.

Die Gesundheit des Menschen hängt also eng mit einer ausgewogenen Darmflora, einer intakten Darmbarriere und einem reibungslos funktionierenden Darmimmunsystem zusammen.