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Im Vertrag von Amsterdam wurde das Mitentscheidungsverfahren gem. Art. 251 EGV[56] ausgeweitet. Das Europäische Parlament war bis zum Inkrafttreten des Lissabon-Vertrages an der Gesetzgebung in allen Bereichen beteiligt, in denen der Rat mit qualifizierter Mehrheit entschied. Eine Ausnahme hiervon bestand allerdings weiterhin für die Landwirtschaft als dem größten Finanzposten der EG.

Nach Inkrafttreten des Vertrags von Amsterdam musste das Parlament nicht nur gem. Art. 214 Abs. 2 Unterabs. 3 EGV der Ernennung der Kommission als ganzer zustimmen, sondern gem. Art. 214 Abs. 2 S. 1 EGV auch vorab der Ernennung des Kommissionspräsidenten.

Im Vertrag von Amsterdam wurde dem Europäischen Parlament weiterhin das Initiativrecht für Gesetzesvorschläge verweigert.

Im Hinblick auf die geplanten Erweiterungen auf siebenundzwanzig Mitgliedstaaten wurde die Anzahl der Parlamentssitze auf siebenhundert nach der Osterweiterung festgelegt.

Im „Protokoll über die Organe im Hinblick auf die Erweiterung der Europäischen Union“[57] zum Amsterdamer Vertrag wurde festgelegt, dass bis zum Abschluss der Erweiterungen jedes Mitglied nur noch einen Kommissar stellen kann.

Durch die Ausweitung der Mitentscheidungsverfahren gem. Art. 251 EGV verlor der Rat an Einfluss, da das Europäische Parlament neben dem Rat zu beteiligen war.