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Autonomieverletzungen sind in vielerlei Form vorstellbar. Es mag sein, dass der Gesetzgeber die Autonomie der Hochschulen missachtet, indem er ihnen funktionsfremde Aufgaben überträgt, sie in ihrer Forschungsfreiheit durch Forschungsverbote (z.B. ein ausnahmsloses Verbot von Tierversuchen) oder ähnliches beeinträchtigt. In diesen Konstellationen ist die Hochschule in einem eigenen Recht, nämlich dem Grundrecht der Wissenschaftsfreiheit, betroffen.[28] Gegen formell-gesetzliche Eingriffe dieser Art ist kein Verwaltungsrechtsweg, wohl aber die Möglichkeit gegeben, das Bundesverfassungsgericht mit der Verfassungsbeschwerde (Art. 93 Abs. 1 Nr. 4a GG) und/oder die Landesverfassungsgerichte mit den im dortigen Prozessrecht vorgesehenen Rechtsbehelfen anzurufen.

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Andere Autonomieverletzungen drohen von Seiten der Rechts- und Fachaufsicht. Rechtsaufsichtliche Maßnahmen gegenüber Selbstverwaltungskörperschaften qualifiziert die ganz herrschende Meinung als Verwaltungsakte im Sinne des § 35 VwVfG. Den Maßnahmen komme die erforderliche Außenwirkung zu, weil die Körperschaft als eigenständige Rechtspersönlichkeit außerhalb des staatlichen Organisationsverbundes betroffen sei.[29] Gegen solche Maßnahmen ist die Anfechtungsklage (§ 42 Abs. 1 VwGO) statthaft, ohne dass es vorher der Durchführung eines Widerspruchsverfahrens bedürfte.[30]

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Komplizierter ist die prozessuale Rechtslage, wenn es um Aufsichtsmaßnahmen im übertragenen Wirkungskreis handelt. Hier ist nach herrschender Meinung grundsätzlich die Anfechtungsklage nicht statthaft, weil es den staatlichen Maßnahmen an der Außenwirkung mangele. Im Einzelfall (die meisten Fälle betreffen die Gemeinden) kann aber der Selbstverwaltungskörperschaft zugleich mit der staatlichen Aufgabenübertragung eine Rechtsposition eingeräumt sein, die sie als außerhalb des staatlichen Verbundes stehend erscheinen lässt und die ihr die nötige Klagebefugnis (§ 42 Abs. 2 VwGO) vermittelt.[31] Aber selbst dann, wenn die Anfechtungsklage nicht statthaft ist, heißt dies noch lange nicht, dass verwaltungsprozessualer Rechtsschutz ausscheidet. Die Gewährleistung effektiven Rechtsschutzes (Art. 19 Abs. 4 GG) in Verbindung mit der Generalklausel des § 40 Abs. 1 VwGO eröffnet in allen Aufsichtskonstellationen den Rechtsweg zu den Verwaltungsgerichten, vor denen je nach den Gegebenheiten des Einzelfalles jedenfalls die allgemeine Leistungsklage oder die Feststellungsklage (einschließlich der Option eines vorläufige Rechtsschutzes nach § 123 Abs. 1 VwGO) zulässigerweise erhoben werden kann.

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Gegen staatliche Autonomieverletzungen können sich die Mitglieder der Hochschulen individuell nur dann zur Wehr setzen, wenn sie selbst in eigenen Rechten betroffen sind. Dies gilt für die Verfassungsbeschwerde gegen gesetzesförmliche Autonomieverletzungen ebenso wie für den verwaltungsprozessualen Rechtsschutz gegen rechtsaufsichtliche oder fachaufsichtliche Maßnahmen (§ 90 Abs. 2 BVerfGG, § 42 Abs. 2 VwGO). Der bloße Rechtsreflex, der das einzelne Hochschulmitglied nachteilig trifft, reicht für die Begründung der Beschwerdebefugnis bzw. der Klagebefugnis nicht aus. Dem einzelnen Hochschulmitglied steht allein die Möglichkeit offen, sich gegen diejenigen Hoheitsakte zu wenden, welche die Hochschule ihm gegenüber in Befolgung staatsaufsichtlicher Maßnahmen erlässt.